Pesantren jenis ini biasanya berdiri tanpa memiliki ikatan emosional dengan masyarakat sekitar, karena memang tidak memiliki basis sosial yang kuat.
Dia dibangun untuk mengintrodusir suatu gagasan dan ideologi keislaman yang sudah dibentuk oleh para pengurusnya, sehingga dia tidak peka terhadap problem sosial mupun kultural masyarakat sekitar.
Masyarakat dipaksa mengikuti ajaran, pemikiran dan ideologi para pengurus pesantren, meskipun pemikiran tersebut tidak sesuai dengan masyarakat.
Paradigma pemikiran pesantren ini biasanya sangat ideologis, eksklusif, simbolik, puritan dan abstrak. Pesantren model ini tidak menggunakan pola pikir, kultur dan referensi kitab-kitab sebagaimana pesantren-pesantren yang sudah ada sebelumnya.
Akibatnya cara memandang, memahami dan mendekati persoalan keislaman juga berbeda. Kelompok baru yang muncul dengan menggunakan nama pesantren untuk mensosialaisasikan ideologinya ini sebenarnya tidak bisa dikatakan sebagai pesantren karena memiliki tradisi dan akar pemikiran yang berbeda dengan pesantren pada umumnya, suatu lembaga sosial keagamaan yang memiliki tradisi dan akar pemikiran yang khas, sehingga sering disebut sebagai sub kutur.
Karena kelompok ini telah menyebut institusi mereka dengan istilah pesantren, meski tradisi dan pola pikirnya berebeda dengan pesantren, berarti muncul karakteristik dan tradisi baru dalam pesantren.
Akibatnya, terjadi polarisasi dunia pesantren, yaitu antara type pesantren lama, mayoritas ada di bawah naungan NU, dengan pemikirannya yang moderat, inklusif, humanis, kritis dan fleksibel dengan type pesantren baru yang puritan, eksklusif, dogmatis, simbolik dan kaku.
Dengan demikian bisa dipahami bahwa sebenarnya tidak terjadi perubahan yang substansial di kalangan pesantren.
Yang ada adalah penambahan model dan type pesantren, karena pada dasarnya pesantren lama tetap menggunakan paradigma, nilai dan pola pikir lama, hanya terjadi perubahan metodologi dan cara berpikir.
Bisa dikatakan, munculnya tradisi pesantren baru yang menawarkan nilai, paradigma, orientasi dan kepentingan baru, ternyata tidak mampu menggoyahkan apalagi merubah akar pemikiran dan tradisi pesantren lama.
