Keempat, tingkat Aliyah. Waktunya kurang lebih satu tahun setengah, dengan materi; Buku Mari Memakai Rosm Utsmany, sorogan al-Quran mulai juz 1- 30 dan menghafal qisharis suwar.
Sedangkan tingkatan kelima adalah Sab’atul Qira-at. Waktunya kurang lebih dua bulan dan diperuntukkan bagi siswa yang sudah selesai setoran al-Quran 30 juz, telah sukses menghafalkan surat-surat pendek (antara lain; juz 30, al-Mulk, al-Waqi’ah, ad-Dukhan, Yasin, as-Sajdah, al-Kahfi,) dan telah terdaftar sebagai peserta Takhtiman (Khatmil Quran). Pada tanggal 16 Juni 2002, MMQ meresmikan cabangnya di daerah Batam.
Kala itu, meski dengan fasilitas minim (bahkan tempat mengajinya masih meminjam lahan yang terletak di kawasan liar belakang Dormitori Blok R kawasan industri Batamindo Muka Kuning), MMQ Batam telah diikuti kurang lebih 600 siswa dengan tingkatan yang sama dengan MMQ Pusat, yaitu tingkatan Jet Tempur, Ibtidaiyyah, Tsanawiyyah, Aliyyah, Tahaffuzh, dan Qiro-ah Sab’ah. Cabang MMQ dengan Akte Notaris Yondri Darto, S.H. No. 196 tanggal 20 Juli 2004 ini, kini telah diikuti oleh lebih dari 4000 santri.
Selain MMQ, di dalam Pondok Pesantren Murottilil Qur’an (PP MQ) juga ada Majlis Qiro’ah Wat Tahfidz (MQT). Kegiatannya terbagi dua, harian dan mingguan.
Harian meliputi: shalat jamaah lima waktu, qiyamullail, mengaji setor hafalan (ba’da jamaah shalat Shubuh), murattalan bersama (aktivitas memperbaiki bacaan al-Quran, membenahi makhraj dan menerapkan shifatul huruf yang dilaksanakan setelah jamaah shalat Dzuhur), dan mengaji Takror Hafalan (sebuah kegiatan yang mngumpulkan antara guru dan santri guna mengulang dan memahirkan hafalan al-Quran, disamping penyampaian materi kitab-kitab tajwid setelah jamaah shalat Ashar).
Kegiatan mingguannya adalah: musyawarah kitab-kitab tajwid (Kamis sore), Jam’iyyah Maulidiyyah (kegiatan yang di dalamnya juga berisikan pembacaan Manaqib Syaikh Abdul Qadir al-Jailani, latihan khithabah dan praktek ubudiyyah setiap malam Jum’at), serta semaan al-Quran (hari Jum’at selepas jamaah shalat Shubuh). MQT juga membagi tingkatan-tingkatan anggotanya.
Tingkat Marhalah I’dadiyyah (waktunya setengah tahun, dengan materi; hafalan surat-surat penting dan buku Persiapan Membaca Al-Quran), Tingkat Marhalah Ula, (waktunya satu tahun, dengan materi; hafalan juz 1-10 dan buku Standar Tajwid), Tingkat Marhalah Tsaniyyah, (waktunya satu tahun, dengan materi; hafalan juz 11-20 dan buku Tajwid Jazariyyah).
Tingkat Marhalah Tsalitsah, (selama satu tahun, dengan materi; hafaln juz 21- 30 dan buku Tajwid Jazariyyah), dan Tingkat Sab’atul Qira-at (ditempuh kurang lebih tiga tahun dan diperuntukkan bagi santri yang telah mengkhatamkan al-Quran di hadapan KH. Maftuh Basthul Birri).
