Selama masa jabatan pertama sebagai Ketua Umum PBNU, Gus Dur tetap fokus dalam mereformasi sistem pendidikan pesantren dan Ia berhasil meningkatkan kualitas sistem pendidikan pesantren hingga dapat menandingi sekolah sekuler. Pada tahun 1987, Gus Dur mendirikan kelompok belajar di Probolinggo, Jawa Timur untuk menyediakan forum individu sependirian dalam NU untuk mendiskusikan dan menyediakan interpretasi teks Muslim.
Pada Musyawarah Nasional 1989, Gus Dur terpilih kembali sebagai Ketua Umum PBNU. Pada Desember 1990, berdiri Ikatan Cendekiawan Muslim Indonesia yang diketuai oleh B.J. Habibie. Pada tahun 1991, beberapa anggota ICMI mengajak Gus Dur bergabung namun Gus Dur menolak karena Ia menganggap ICMI mendukung sektarianisme yang akan membuat Soeharto menjadi tetap kuat. Gus Dur melakukan perlawanan terhadap ICMI dengan membentuk Forum Demokrasi.
Pada Maret 1992, Gus Dur berencana mengadakan Musyawarah Besar untuk merayakan ulang tahun NU ke-66 dan mengulang pernyataan dukungan NU terhadap Pancasila. Namun, Soeharto menghalangi acara tersebut dengan memerintahkan polisi untuk mengembalikan bus berisi anggota NU ketika mereka tiba di Jakarta.
Selama masa jabatan kedua sebagai ketua NU, ide liberal Gus Dur mulai mengubah banyak pendukungnya menjadi tidak setuju. Gus Dur terus mendorong dialog antar agama dan bahkan menerima undangan mengunjungi Israel pada Oktober 1994.
Pada Musyawarah Nasional 1994, Gus Dur kembali terpilih menjadi Ketua NU dan Ia mulai melakukan aliansi politik dengan Megawati Soekarno Putri. Pada November 1996, Wahid dan Soeharto bertemu pertama kalinya sejak pemilihan kembali Gus Dur sebagai ketua NU. Pada tanggal 19 Mei 1998, Gus Dur bersama dengan delapan pemimpin penting dari komunitas Muslim, dipanggil ke kediaman Soeharto untuk memberikan konsep Komite Reformasi namun mereka semua menolaknya. (tim)
Buku Karya K.H Abdurrahman Wahid
Berikut adalah beberapa buku karya Gus Dur :
Islam dalam Cinta dan Fakta
Sebuah Dialog Mencari Kejelasan; Gus Dur Diadili Kiai-Kiai
Tabayun Gus Dur, Pribumisasi Islam, Hak Minoritas, Reformasi Kultural
Islam, Negara, dan Demokrasi
PRISMA PEMIKIRAN GUS DUR
Pergulatan Negara, Agama, dan Kebudayaan
Kumpulan Kolom dan Artikel Abdurrahman Wahid Selama Era Lengser
Mengatasi Krisis Ekonomi: Membangun Ekonomi Kelautan, Tinjauan Sejarah dan Perspektif Ekonomi
Gus Dur Bertutur
90 Menit Bersama Gus Dur
Gus Dur Menjawab Kegelisahan Rakyat
Khazanah Kiai Bisri Syansuri; Pecinta Fiqh Sepanjang Hayat
Sekedar Mendahului, Bunga Rampai Kata Pengantar
Umat Bertanya Gus Dur Menjawab
Tuhan Tidak Perlu Dibela
Islamku Islam Anda Islam Kita
