Selanjutnya pada tahun 1959, beliau melanjutkan studinya ke pondok pesantren Benda Kerep, Cirebon. Kemudian Indramayu, Purwokerto dan Tegal. Setelah itu melanjutkan ke Makkah, Madinah dan di negara-negara lainnya. Selama studinya beliau banyak menerima ilmu syari’ah, thariqah dan tasawuf dari para ulama-ulama besar, wali-wali Allah yang utama, dan guru-guru yang penguasaan ilmunya tidak diragukan lagi.
Selain sebagai seorang ulama, Habib Luthfi juga aktif dalam organisasi Nahdlatul Ulama sebagai salah satu anggota Syuriyah PBNU. Beliau pun juga memiliki peranan penting dalam organisasi Mahasiswa Ahlith Thoriqoh Al Mu’tabaroh An Nahdliyyah (MATAN). Yakni, organisasi tarekat untuk kalangan mahasiswa yang diprakarsai oleh dirinya yang berafiliasi kepada organisasi Islam Nahdlatul Ulama (NU).
Tidak hanya sibuk berorganisasi, Habib Luthfi pun memiliki agenda rutin berupa pengajian yang dipimpinnya yaitu, pengajian Thariqah tiap Jumat Kliwon pagi, pengajian Ilya’ Ulumudin tiap selasa malam, pengajian Fath Qorib tiap Rabu pagi dan santrinya adalah para ibu-ibu, pengajian tiap bulan Ramadan, dakwah di berbagai daerah di seluruh Indonesia, dan rangkaian mauled kanzus yang bertempat di 60 daerah secara bergiliran, khususnya di daerah Pekalongan dan sekitarnya. (tim)
