Ia juga pernah menjabat sebagai Plh Kepala Satuan Polisi Pamong Praja (Satpol PP) Kota Bitung pada tahun 2002, dan Kabid Pengembangan Karier dan Diklat BKKD Kota Bitung. Tahun 2002, Bernhard kembali dimutasi menjadi Kasubdin Dinas Pemadam Kebakaran Kota Bitung.
Tahun 2003, Bernhard Rondonuwu diangkat dalam jabatan baru sebagai Kabid IWAS BKPMD Kota Bitung, kemudian dimutasi menjadi Kepala Bidang Diklat BKDD Kota Bitung, lalu dipercayakan menjadi Kepala Bidang Pengasuhan IPDN.
Tahun 2007, Bernhard E Rondonuwu dilantik menjadi Kepala Bagian Administrasi Keprajaan dan Kemahasiswaan IPDN. Dua tahun berselang, Bernhard Rondonuwu menduduki jabatan baru sebagai Pembantu Rektor Bidang Kemahasiswaan.
Tahun 2012 sampai 2015, Bernhard Rondonuwu mengemban tugas sebagai Kepala Biro Administrasi Keprajaan dan Kemahasiswaan IPDN.
Tahun 2016, ia melaksanakan tugas sebagai Plt Direktur IPDN Sulawesi Utara dan dipromosikan menjadi Kepala Biro Administrasi Umum dan Keuangan IPDN pada tahun 2018.
Bernhard Rondonuwu kemudian dimutasi menjadi Direktur Polisi Pamong Praja dan Perlindungan Masyarakat, Kementrian Dalam Negeri.Tahun 2022, ia mengemban tugas sebagai Pj Bupati Maybrat, Provinsi Papua Barat. (*)
