Meskipun demikian, Presiden sebagai Panglima Tertinggi Angkatan Perang Republik Indonesia sebagaimana diatur dalam UUD Nomor 29 Tahun 1954 tentang Pertahanan Negara Republik Indonesia, memiliki hak prerogatif untuk menentukan siapa yang akan dipilih untuk memimpin tentara dari tiga matra itu.
Selain itu, dalam sejarah di Era Reformasi, Panglima TNI berturut-turut dijabat oleh perwira TNI AD pernah terjadi, yakni saat Jenderal Moeldoko digantikan oleh Jenderal Gatot Nurmantyo.
Siapapun yang terpilih, tidak akan mempengaruhi sistem yang sudah mapan kuat di lingkungan TNI. TNI akan selalu solid dalam menjalankan tugasnya untuk bangsa ini, baik dalam rangka operasi militer untuk perang dan operasi militer selain perang.
ABRI dan TNI
Peralihan kepemimpinan nasional dari Era Orde Baru ke Era Reformasi mengubah berbagai tatanan kenegaraan, termasuk di dalam Tentara Nasional Indonesia (TNI) yang sebelumnya bernama Angkatan Bersenjata Republik Indonesia (ABRI).
Saat Orde Baru, nama pemimpin di lingkungan militer adalah Panglima ABRI atau akrab dengan sebutan Pangab. Pada era itu, Kepolisian Republik Indonesia berada dalam satu institusi dengan TNI dan Panglima ABRI selalu dijabat oleh perwira tinggi dari TNI Angkatan Darat.
Pada Tahun 1999, Presiden BJ Habibie mengeluarkan Instruksi Presiden Nomor 2 Tahun 1999 tentang Langkah-langkah Kebijakan dalam Rangka Pemisahan Kepolisian dari ABRI. Sejak itu, Polri yang sebelumnya di bawah Mabes ABRI ditempatkan di bawah Departemen Pertahanan dan Keamanan (Dephankam).
Seperti dilansir ANTARA, pada masa Presiden KH Abdurahman Wahid alias Gus Dur, pucuk pemimpin TNI dipercayakan kepada perwira bukan dari Angkatan Darat, yakni dengan diangkatnya Laksamana TNI Widodo Ahmad Sucipto sebagai Panglima TNI.
Widodo AS adalah perwira TNI Angkatan Laut yang pertama dipercaya memimpin institusi TNI.
Sebelumnya, saat masih era Presiden BJ Habibie, Widodo AS menjabat sebagai Wakil Panglima TNI bersama Panglima TNI saat itu Jenderal Wiranto.
Laksamana Widodo AS menjabat Panglima TNI dari 26 Oktober 1999 hingga 7 Juni 2002. Setelah itu Panglima TNI kembali dijabat oleh TNI AD, yakni Jenderal Endriartono Sutarto (7 Juni 2002 hingga 13 Februari 2006). Kemudian beralih ke perwira TNI Angkatan Udara, yakni Marsekal TNI Djoko Suyanto (13 Februari 2006 hingga 28 Desember 2007) dan kembali ke TNI AD saat dijabat oleh Jenderal TNI Djoko Santoso (28 Desember 2007 hingga 28 September 2010).
Untuk kedua kalinya perwira tinggi TNI AL dipercaya menjadi Panglima TNI, yakni Laksamana Agus Suhartono (28 September 2010 hingga 30 Agustus 2013). Perwira TNI AD kembali berturut-turut memimpin TNI, yakni Jenderal Moeldoko (30 Agustus 2013 hingga 8 Juli 2015) dan dilanjutkan Jenderal Gatot Nurmantyo (8 Juli 2015 hingga 8 Desember 2017).
