Doni kemudian diberi kepercayaan menjadi Danrem 061 Surya Kencana Bogor. Hanya beberapa bulan menjadi Danrem di Bogor, Doni dipercaya menjadi Wadanjen Kopassus. Bulan April 2012 Doni mengikuti pendidikan PPSA XVIII di Lemhannas. Hanya empat bulan di Lemhannas, Doni dipromosikan menjadi Danpaspampres.
Doni juga pernah menjabat sebagai Pangdam XVI/Pattimura periode 2015-2017 dan Pangdam III/Siliwangi periode 2017-2018. Tak hanya itu, Doni juga pernah menjadi Sekretaris Jenderal Wantannas pada 2018 hingga pada 2019 dilantik menjadi Kepala BNPB.
Pada 2020, Doni Monardo ditunjuk sebagai Kepala Satgas COVID-19. Hal itu tertuang dalam Keputusan Presiden RI Nomor 7 Tahun 2020. (tim)