Habib Luthfi bin Yahya kemudian melanjutkan pendidikan agamanya dengan mondok di Kiai Said Tegal, kemudian Kiai Muhammad Abdul Malik bin Muhammad Ilyas bin Ali, Purwokerto, Jawa Tengah. Habib Luthfi juga pernah mendapatkan beasiswa melanjutkan belajar di Hadramaut Yaman selama 3 tahun.
Pada 1963, Habib Luthfi memperoleh talqin ţariqah dari Syekh Muhammad Abdul Malik, seorang mursyid ţariqah Naqsyabandiyah Khalidiyah Syazaliyah asal Purwokerto, Jawa Tengah, yang bermukim di Mekah, Arab Saudi.
Dari mereka, Habib Luthfi mendapat ijazah khas atau khusus dan ‘am atau umum dalam bidang dakwah dan nasyru syari’ah, thariqah, tasawuf, kitab-kitab hadis, tafsir, sanad, riwayat, dirayat, nahwu, tauhid, bacaan-bacaan aurad, hizib-hizib, kitab-kitab shalawat, kitab thariqah, sanad-sanadnya, nasab, kitab-kitab kedokteran. Habib Luthfi juga mendapat ijazah untuk membaiat.
Tarekat dalam bahasa Arab disebut Tariqah merupakan intipati pelajaran Ilmu Tasawuf. Tarekat Naqsyabandiyah Al-Khalidiyah berhulu pada diri Nabi Muhammad saw melalui Abu Bakar as-Siddiq ra, khalifah pertama yang juga salah seorang sahabat Nabi Muhammad saw.
Dalam bidang organisasi, selain menjabat sebagai Rois Aam Jam’iyyah Ahlith Thoriqoh al-Mu’tabaroh an-Nahdliyyah (Jatman), Habib Luthfi saat ini merupakan anggota Dewan Pertimbangan Presiden (Wantimpres) periode 2019–2024. Termasuk anggota The Royal Aal al-Bayt Institute for Islamic Thought, Yordania, 2019-sekarang. Termasuk Ketua Forum Sufi Internasional dan pendiri serta pembina Majelis Ta’lim Kanzus Sholawat. Tidak hanya itu, Habib Luthfi bin Yahya juga pernah menjabat sebagai Ketua Umum Majelis Ulama Indonesia (MUI) Jawa Tengah 2006-2011.
Habib Luthfi bin Yahya juga banyak membuat buku. Di antaranya, buku berjudul Jihad Ekonomi dalam Bingkai NKRI: Belajar Nasionalisme dan Ekonomi kepada Maulana Habib Al-Habib Luthfi bin Yahya, Penerbit Ladang Kata, 2019; Sejarah Maulid Nabi: Meneguhkan Semangat Kesilaman dan Kebangsaan, Penerbit Menara Publishing, 2015; ketiga, Umat Bertanya Habib Luthfi Menjawab, Penerbit Majelis Khoir, 2015.
Selain itu, buku berjudul Jalan Vertikal, Sebuah Tinjauan Integratif Ahlussunah Wal Jama’ah, Penerbit Habib Luţfi Foundation, 2009; kemudian buku Nasihat Spiritual, Mengenal Thariqat ala Habib Muhammad Luţfi bin Yahya, Penerbit Menara Publisher, 2007. Termasuk buku berjudul Secercah Tinta: Jalinan Cinta Seorang Hamba dengan Sang Pencipta, Penerbit Menara Publisher, 2012; dan sebagainya. (tim)
