Tugas pertamanya yakni menjadi Perwira Departemen Operasi Kapal Perang Republik Indonesia (KRI) Sigalu-857 pada 1990. Dua tahun berikutnya, atau tepatnya pada 1992, Ali berpindah dari kapal patroli cepat kelas attack ke kapal selam KRI Nanggala-402. Di kapal selam ini, ia mengampu jabatan sebagai Asisten Perwira Divisi Ekasen.
Pada 1993, Ali berpindah dari kapal selam KRI Nanggala ke kapal selam KRI Pasopati-410 dengan jabatan sebagai Perwira Torpedo.
Pria kelahiran 9 April 1967 ini menduduki posisi tersebut selama dua tahun sebelum akhirnya kembali lagi ke kapal selam KRI Nanggala-402 sebagai Perwira Divisi Komunikasi (Padivkom) pada 1995 dan Kepala Departemen Leksen KRI Nanggala-402 pada 1996.
Jadi Komandan KRI Nanggala-402
Saat berpangkat mayor, atau pada periode 1996, Ali pernah menjabat sebagai Kasi Taktik Sops Komando Armada Timur dan Kadalsen Divlat Dep Sewaco Puslattlekdalsen Kodikal pada 2000 hingga 2003.
Usai betugas di luar kapal perang kurang lebih selama tujuh tahun, Ali pun kembali lagi ke kapal selam. Tak tanggung-tanggung, Ali langsung menjabat sebagai Komandan KRI Nanggala-402 pada 2004-2005.
Jabatan Puncak Sebagai Panglima Komando Gabungan Pertahanan
Setelah dua tahun memimpin KRI Nanggala-402, Ali kemudian berkelana di luar kapal perang menjadi Pasops Satsel Koarmatim pada 2006, Pabandya Renstra Paban I Renstra Srena KSAL pada 2006 hingga 2009.
Jauh ke depan, ketika berpangkat Laksamana Pertama, Ali menjabat Pati Sahli KSAL Bidang Ekojemen pada 2015, Staf Khusus KSAL pada 2015, Danguskamlabar pada 2015-2017, dan Waasrena KSAL 2017 sampai 2018.
Selanjunya saat berpangkat Laksamana Muda, Ali dipercaya menjadi Gubernur AAL pada 2018-2019, Koorsahli KSAL pada 2019, Panglima Komando Armada I pada 2019 hingga 2020, dan Asrena KSAL pada 2020 hingga 2021.
Setelah itu, Ali mendapat promosi menjadi perwira bintang tiga dengan menjabat sebagai Pangkogabwilhan pada 2021 hingga sekarang.
Nama Muhammad Ali Muncul Sebagai Calon Kuat KSAL
Namanya muncul sebagai calon penerus tongkat estafet Laksamana Yudo Margono bersama lima perwira tinggi (pati) TNI Angkatan Laut lainnya yang sama-sama menyandang bintang tiga.
Kelima pati tersebut yakni, Wakil KSAL (Wakasal) Laksdya Ahmadi Heri Purwono dan Panglima Komando Armada Republik Indonesia (Pangkoarmada RI) Laksdya Heru Kusmanto.
Lalu ada Komandan Pusat Hidro-Oseanografi Angkatan Laut (Danpushidrosal) Laksdya Nurhidayat, Rektor Universitas Pertahanan (Unhan) Laksdya Amarulla Octavian, serta terakhir Komandan Pembinaan Doktrin, Pendidikan, dan Latihan TNI AL (Dankodiklatal) Letnan Jenderal (Mar) Suhartono.
