Sosoknya juga merupakan Ketua Senat Mahasiswa IIP pada masa pergerakan reformasi tahun 1998.
Wakil Sekretaris Masyarakat Ilmu Pemerintahan (MIPI) Pusat dan Wakil Direktur Eksekutif Forum Sekda Provinsi Seluruh Indonesia (Forsesdasi).
Agus juga tercatat dalam sejumlah organisasi sosial dan kependidikan. Antara lain, Ketua Forum Walisantri Pondok Pesantren Tahfidz Ustadz Yusuf Mansur Darul Quran dan Pembina Pondok Pesantren Tahfidz Al-Hikmah Istiqomah Buaybahuga, Kabupaten Waykanan.
Agus Fatoni menikah dengan A. P. Widyaningtyas, dan mereka dikaruniai 3 orang anak. Salah satu anak dari Agus Fatoni yaitu Alfascadieno Akbar Fatoni, mengikuti jejak ayahnya menjadi abdi negara menjadi salah satu dari 34 Wakil Sulawesi Utara yang lulus menjadi Praja IPDN angkatan XXXIII Tahun 2022. Akbar Fatoni juga santri dan hafids qur’an.
Agus Fatoni menyelesaikan sekolah dasar di SDN 1 Sukabumi, Bahuga, Kabupaten Waykanan, tahun 1985, dia kemudian melanjutkan ke SMPN Bahuga, Kabupaten Waykanan dan lulus tahun 1988.
Setelah itu Agus melanjutkan sekolah di SMAN 1 Tanjung Karang, Bandar Lampung, tahun 1991. Setelah lulus dari SMA, Fatoni mendaftar menjadi praja Sekolah Tinggi Pemerintahan Dalam Negeri (STPDN) dan dia berhasil menyelesaikan program D3 di STPDN Jatinangor tahun 1994.
Agus kemudian melanjutkan pendidikan Sarjana (S1) jurusan Kebijakan Pemerintah, Institut Ilmu Pemerintahan (IIP) Jakarta lulus tahun 1999.
Fatoni juga menyelesaikan pendidikan Magister (S2) Ilmu Pemerintahan di Universitas Padjadjaran lulus tahun 2003 dan Doktor (S3) Ilmu Pemerintahan di Universitas Padjadjaran, lulus tahun 2009. (tim)
