Para Arkeolog menduga Derinkuyu dibangun pada abad 8 – 7 SM, setelah diteliti secara menyeluruh Kota tua bawah tanah ini memiliki kedalamannya mencapai 200 kaki (60 m).
Kota Derinkuyu tersembunyi berada 18 lantai di bawah tanah dan dibangun dengan ventilasi untuk menyediakan udara segar dan saluran untuk menyediakan air bagi penduduknya.
Meskipun hingga saat ini menjadi perdebatan mengenai siapa yang membangun Derinkuyu, sebagian besar ahli percaya bahwa orang Frigia lah yang membangun, merupakan bangsa Indo-Eropa, mereka mengukir kota tersebut dari batuan vulkanik.
Namun, ketika kekuasaan Frigia berkurang di bawah Kekaisaran Romawi dan bahasa mereka perlahan-lahan punah, Derinkuyu akhirnya diduduki oleh umat Kristen Yunani yang mencari perlindungan dari perang dan penganiayaan.
Pada era Bizantium, Derinkuyu diperluas sepenuhnya dan digunakan sebagai perlindungan dari bangsa Arab selama perang Arab–Bizantium (antara abad ke-7 dan ke-11). Pada abad ke-14, Derinkuyu melindungi penduduknya dari bangsa Mongol.
Ketika wilayah tersebut jatuh ke tangan Ottoman, Derinkuyu kembali memberikan perlindungan dari para pemimpin Turki.
Pada tahun 1923, kota bawah tanah ini ditinggalkan ketika penduduk Kristen diusir dari Turki dan dipindahkan ke Yunani. Tahun 1963, kota bawah tanah ditemukan kembali ketika seorang penduduk di daerah tersebut menemukan sebuah ruangan misterius di balik tembok rumahnya.***
