Konflik bermula saat Cak Imin menjabat sebagai Ketua Umum PKB hasil Muktamar Semarang 2005. Cak Imin kemudian dilengserkan oleh Gus Dur yang menjabat sebagai Ketua Dewan Syuro PKB.
Pemecatan itu lantaran Cak Imin dinilai kerap mendekati istana atau pemerintahan Susilo Bambang Yudhoyono. Padahal saat itu PKB merupakan partai oposisi.
Akibatnya PKB terpecah menjadi dua kubu. Yaitu Kubu Gus Dur dan Kubu Cak Imin. Masing-masing kubu pun menggelar Muktamar Luar Biasa. Kubu Gus Dur menggelar Muktamar di Parung, Bogor pada 30 April sampai 1 Mei 2008.
Sementara Kubu Cak Imin menggelar muktamar di Hotel Mercure Ancol sehari kemudian, 2 Mei 2008. Dalam muktamar tersebut, Cak Imin memutuskan dirinya kembali menjadi pemimpin PKB.
Tak hanya itu, Muktamar Kubu Cak Imin juga memutuskan mendepak Yenny Wahid yang saat itu menjabat Sekretaris Jenderal PKB. Bahkan, Gus Dur selaku pendiri dan Ketua Dewan Syuro PKB juga ikut dikeluarkan dan digantikan oleh KH Aziz Mansyur.
Kubu Gus Dur lantas menggugat kubu Cak Imin ke pengadilan. Cak Imin dianggap melanggar Anggaran Dasar / Anggran Rumah Tangga PKB. Namun pengadilan memenangkan Kubu Cak Imin.
Kendati dinyatakan kalah, Yenny terus menyuarakan PKB Gusdur sebagai PKB yang sah. Dia juga sempat menggelar Muktamar ke-III PKB di Gor Kertajaya, Surabaya, pada 26 Desember 2010.
“PKB kita meski bukan yang diakui, tapi merupakan PKB yang asli,” kata Yenny saat sambutan dalam acara pembukaan Muktamar itu. Yenny mengakui, belum mampu mengembalikan PKB kubu Gus Dur sebagai partai yang diakui secara administrasi. “Muktamar ini semata untuk membangun kembali rumah politik Gus Dur,” kata Yenny.
Yenny Wahid lantas mendirikan Partai Kedaulatan Bangsa Indonesia yang kemudian berubah nama menjadi Partai Kemakmuran Bangsa Nusantara atau PKBN pada 2011. Konflik kembali tersulut lantaran Cak Imin sempat mengirimkan surat kepada Menteri Hukum dan HAM Patrialis Akbar. Isinya, mereka meminta Menteri Hukum dan HAM untuk tak meloloskan PKB Yenny dalam proses verifikasi partai politik untuk Pemilu 2014.
Kubu Cak Imin saat itu beralasan PKBN memiliki kemiripan nama, lambang atau tanda gambarnya. Menteri Hukum dan HAM Amir Syamsuddin yang menggantikan Patrialis kemudian menyatakan partainya Yenny tak bisa memperoleh status berbadan hukum pada Desember 2011.
Gagal mendapatkan pengesahan dari Kemenkumham, PKBN lantas melebur ke Partai Perhimpunan Indonesia Baru atau PPIB besutan Kartini Sjahrir.
Persatuan kedua partai itu melahirkan dan menjadi Partai Kedaulatan Bangsa Indonesia Baru atau PKBIB. Sayangnya, partai ini gagal dalam verifikasi faktual oleh Komisi Pemilihan Umum atau KPU pada 2012 dan gagal ikut dalam Pemilu 2014.
