Ia kemudian terjun di Kemendagri diawali dengan menjadi CPNS di Badan Diklat pada tanggal 1 April 1999 untuk diarahkan menjadi Widyaiswara.
Hingga pada bulan Desember 2002 ia mendapatkan tugas dengan menjabat sebagai eselon IV di Badan Diklat Kemdagri yang bertugas untuk menyusun kebijakan pengelolaan STPDN dan IIP yang kemudian digabung menjadi IPDN.
Tanggal 25 Juni 2008 mendapat penugasan baru ke Biro Hukum Setjen Kemdagri sebagai Kepala Bagian Penyusunan Perundang-undangan. Kemudian pada bulan September 2010 ditugaskan sebagai Plt. Kepala Biro Hukum Kemendagri dan dilantik sebagai Kepala Biro Hukum Kemendagri pada tanggal 9 November 2011.
Prof Dr Zudan Arif Fakrulloh SH,MH merupakan ahli di bidang Hukum Administrasi Negara dan Sosiologi Hukum. Berkat keahliannya di bidang tersebut, ia dianugerahi sebagai Guru Besar Termuda dalam komunitas intelelektual Ilmu Hukum Indonesia dalam usia 35 tahun.
Saat ini ia masih terus mengajar di berbagai kampus di Indonesia.
Zudan Arif Fakrulloh tercatat sebagai pengajar, pembimbing dan penguji di kampus UI, IPDN, UNS, Universitas Borobudur, Universitas Pelita Harapan, Universitas Jayabaya.
Banyak jabatan penting yang saat ini sedang diemban oleh Zudan Arif Fakrulloh. Selain sebagai Dirjen Dukcapil Kemendagri, saat ini juga sebagai Ketua Umum Korps Pegawai Republik Indonesia (Korpri) yang memiliki anggota lebih dari 4,2 juta ASN.
Dalam komunitas hobi, Zudan merupakan Ketua Umum Rumah Bonsai Indonesia. Sebuah perkumpulan yang bergerak dalam budi daya dan pengembangan tanaman bonsai. Dalam dunia olah raga, pemegang sabuk hitam karate ini adalah Ketua Umum Federasi Karate Indonesia selama dua periode, dari 2014 sd sekarang.
Belum lagi dalam kegiatan sosial, Prof Zudan adalah ketua Badan Pengeloala Masjid An Nuur kemendagri, Dewan Pembinan Masjid Al Huda taman Kota Bekasi. Selain itu juga sebagai ketua Ika FH UNS, Wakil Ketua IKA UNS dan Sekjen IKA SMA 3 Padmanaba Yogyakarta.
Sepanjang karirnya di Kemendagri, Zudan banyak memberi warna dalam proses legislasi di Indonesia dengan menjadi tim penyusun Rancangan Undang-Undang.
Setidaknya, ada 18 undang-undang dan berbagai peraturan yang ikut ia bidani. Di antaranya, UU Pemerintahan Daerah, UU Desa, UU Pemilu Presiden dan UU Pemilu Legastif.
Gagasan dan pemikirannya dalam bidang hukum dan pemerintahan banyak dituangkan dalam bentuk buku, artikel dan jurnal ilmiah. Zudan sudah menulis lebih dari 80 artikel dan jurnal ilmiah yang dipublikasikan dan 12 buku antara lain, Hukum Ekonomi, Buku Kesatu (1997), dan Kebijakan Otonomi di Persimpangan (2004)
