Meski tak lagi menjabat sebagai presiden, perjuangan Gus Dur tidak pernah lelah dan berhenti untuk pengabdian kepada kemanusiaan dan pembelaan kepada minoritas. Pada tahun 2002 ia menjabat sebagai penasihat Solidaritas Korban Pelanggaran HAM. Dan pada tahun 2003, Gus Dur menjabat sebagai Penasihat pada Gerakan Moral Rekonsiliasi Nasional.
Pada tanggal 30 Desember 2000, bangsa Indonesia berduka khususnya jutaan warga Nahdliyin. Sosok ulama dan pemimpin yang mereka cintai Gus Dur meninggalkan kita semua akibat sakit yang dideritanya. Gus Dur wafat pada umur 69 tahun. Indonesia kehilangan Bapak Bangsa, pemimpin umat yang ngayomi, melindungi dan memberikan kesejukan. Mari kita kirim doa dan membaca Al Fatikah agar Allah memberikan Hidayah Nya kepada almarhum Gus Dur. (berbagai sumber)
